气功和瑜伽都是源于东方的，古老的自我保健技术。气功和瑜伽作为一种传统的保健技术得以流传至今，并且在科学界产生如此大的影响，足见其生命力之旺盛。
气功中的“气”（Qi）和瑜伽中的“帕拉”（Prana）历来是人们研究的焦点所在，但从现代脑科学来探讨气功与瑜伽的机理的研究却不多见。本文仅从有关文献进行一些初步的分析与探讨。
一、脑电图观察
深呼吸和放松是引发“松弛反应”的前奏。对气功师和瑜伽师的研究显示，在其练功期间通过脑电图观察到大脑活动波一般在a波明显增强，个别是在θ波增强。脑波在a波段的表现是放松导致的结果，并因此而产生其保健作用。放松又能导致心率减慢、血压下降和皮肤温度的升高。在气功和瑜伽的锻炼中，其目的之一就是将大脑的活动降低到最低点。
在净气功中，没有任何运动。它与动气功相比较，能凭借低频率的脑活动而更易达到高度入静。瑜珈功的情形也大多与此相似。
在气功和瑜瑜锻炼中，其基本的一点就是“允许身体和能量降低和放松”，并“保持个固定的放松姿势”。
二、神经反射
按压穴位、推拿反射区和敲击“生物能轨迹线”是各种古代传统保健理论的特色之一。
现在有一种观点认为，皮肤反射区域就是人体表层的一部分，它受出自脊神经内的一个特殊分枝的感觉神经所支配，它与自律神经节也有着密切的联系。皮肤反射区域的兴奋是由于脊神经分支有机会通过自律神经而产生效应所致。体表刺激也可以通过神经反射机制而影响器官的功能。这个机制也被用来引证针刺的原理。
在气功和瑜伽之中，有着许多的推拿按摩技术。气功师在练功过程中，尽量放松脊柱.然后再用双手拍打自身的背部和前胸，这样就能改善肾、肺和脾的功能，其原理之一就是神经反射机制。
有些气功锻炼的焦点完全集中在应用自我按摩技术或经络刺激与反射技术。对于经络的刺激与反应，西方科学称作“刺激与反射”。然而，东方传统医学却将其称为“气的循环”。
三、脑和内分泌
气功和瑜伽的初级锻练有一关键是将“气”“帕拉”循环运行到头顶。在气功理论中这叫“百脉归”（即归头顶百会穴），在瑜伽理论中头顶被称作“千叶莲花”。现代解剖学通过对脑垂体、松果体、下丘脑和脑脊髓系统的第三室的研究，从而确认了头顶部位的重要性。
古代传统理论已经涉及到了这些结构的功能，诸如导电性、磁性和生物微能性。虽然要承认这些理论还为时过早，但现代科学对下丘脑和脑垂体的研究也许将进一步阐明这些理论。
大脑的传导活动的发现是在对疼痛、抑郁与免疫功能的关系研究中得来的。如果一个人的注意力集中在一个生理结果上的话，那么将对其生理功能产生潜在的影响。因此，使“气”、“帕拉”循环到头顶对大脑的传导和内分泌活动产生潜在的影响是完全可能的。这种现象不仅限于大脑，即使在全身也是如此。
对生物功能自控规律的研究表明，减少或消除交感神经的作用是通过下丘脑的调节活动来实现的。当气功师将“气”通过任、督二脉和瑜伽师将“帕拉”沿脊柱运行到头顶的时候.其目的就是要达到“放松入静”，在这里主要是通过减少交感神经和大脑的活动水平来达到这一目的的。